Nació en Madrid en 1946, año del primer Festival Internacional de Cine de Cannes (del que años después sería fiel seguidor) y en el que se realizaron cintas emblemáticas, que luego le influirían, como “Encadenados” de Alfred Hitchcock; ¡Qué bello es vivir!, de Frank Capra y El sueño eterno, de Howard Hawks. Aunque ha confesado que su formación cinematográfica viene, sobretodo, de la Nouvelle Vague: François Truffaut, Jean Luc Godard y, posteriormente, Alain Tanner y Eric Rohmer.

Una vez titulado como arquitecto por la Escuela Técnica Superior de Arquitectura de Madrid (ETSAM), ingresó en la Escuela Oficial de Cine. Desde sus inicios compatibilizó las tareas de dirección con la de guionista. Con 16 años rodó su primer cortometraje en formato 8 mm. Tras dirigir y producir varios cortos junto con Miguel Ángel Díez, empezó a cimentar su fama con En un París imaginario (1975), Usted va a ser mamá (1976) y Pomporrutas imperiales (1976) (el título Pomporrutas es una transformación del verso Voy por rutas imperiales del himno falangista Montañas nevadas).

Ya en el terreno del largometraje, dirigió su ópera prima, Tigres de papel (1977), que supuso una gran revelación en el cine de la época y que, junto con ¿Qué hace una chica como tú en un sitio como éste? (1978), le consagró como “el padre” de lo que se denominó la Nueva comedia madrileña. Con esa película el grupo Burning se convirtió en uno de los iconos de la movida madrileña. Con su tercer largometraje, La mano negra (1985), consiguió el premió a la mejor película en el Mystfest de Italia.

Durante la década de los ochenta, Fernando Colomo realizó siete trabajos, producidos y dirigidos por él, que le vinculan más firmemente al género de la comedia. En este periodo estrenó Estoy en crisis (1982), comedia protagonizada por José Sacristán; La línea del cielo (1985), rodada en Nueva York, con muy bajo presupuesto y con Antonio Resines encabezando el reparto, donde se intenta describir el choque cultural de un español que no sabe inglés en la metrópolis estadounidense; La vida alegre (1987), una historia en la que el director vuelva a sus orígenes de la “comedia madrileña” y con la que obtuvo un gran éxito de público y crítica (consiguió el Premio Goya a la mejor actriz para Verónica Forqué). Un año más tarde Fernando Colomo estrenó la comedia Bajarse al moro (1988), basada en el éxito teatral homónimo de José Luis Alonso de Santos.

A mediados de los ochenta, Fernando Colomo dio un gran giro a su filmografía y dirigió la superproducción internacional El caballero del dragón (1985), protagonizada por Harvey Keitel, Klaus Kinski y Miguel Bosé. Por entonces cofundó la productora La Salamandra y en 1992 su propia productora, Fernando Colomo Producciones Cinematográficas. En 1988 rodó en México y España Miss Caribe con Ana Belén, Chus Lampreave, Santiago Ramos y Juan Echanove.

En la década de los noventa, volvió al terreno de la comedia con Rosa Rosae (1993), una historia basada en el enfrentamiento entre dos mujeres que contó con la interpretación de Ana Belén y María Barranco. Sin abandonar la comedia, dirigió un año más tarde Alegre ma non troppo (1994), protagonizada por Penélope Cruz y galardonada con el premio a la mejor película en el Festival de Cine de París. Su siguiente largometraje fue, de nuevo, una comedia coproducida entre España, Francia y Reino Unido titulada El efecto mariposa (1995), una comedia coral con la que cosechó un gran éxito en taquilla y obtuvo muy buenas críticas. En ella destaca especialmente el actor y músico Coque Malla. En 1995 la escritora Susana Villalba escribió el libro titulado Con Fernando Colomo hemos topado. Posteriormente dirigió el telefilme Eso (1997), con el que consiguió el premio al mejor telefilme internacional en el Festival de Cine de Múnich.

También ha dirigido las películas Los años bárbaros (1998), Cuarteto de la Habana (1998) y Al sur de Granada (2002), esta última inspirada en la autobiografía homónima de Gerald Brenan, que narra su estancia en un olvidado pueblo de la Alpujarra y sus amores con las mozas del lugar.

La ironía y el humor se entremezclan en todas sus películas dando lugar a un tipo de comedia personal, donde destaca la dirección de actores y la frescura y simpatía de sus personajes.

Para la TV ha dirigido producciones televisivas como la serie Chicas de hoy en día (1991), Famosos y familia (1999), Cuarteto de la Habana (1999), Dime que me quieres (2001) o El pacto (2010), una miniserie en dos capítulos con guion de Santos Mercero (hijo del director Antonio Mercero), inspirada en una historia real: el acuerdo entre varias adolescentes en un colegio de Estados Unidos para quedarse embarazadas al unísono.

En 2015 resultó nominado a mejor actor revelación en los premios Goya por su primer papel protagonista en su propia película Isla bonita. Y posteriormente ha dirigido exitosas películas como: La tribu (2018), Antes de la quema (2019), Poliamor para principiantes (2021) y Cuidado con lo que deseas (2021).

En el año 2021 los cineastas Fernando Colomo y Beatriz de la Gándara fueron distinguidos con la Medalla de Oro de EGEDA en la 26º edición de los Premios José María Forqué. El galardón reconoce su trabajo conjunto durante más de 25 años en los que se destaca “una firme apuesta por nuevos realizadores que se han convertido en grandes figuras de nuestra industria, así como una gran tenacidad y constancia para sacar adelante sus propios proyectos”, en palabras de Enrique Cerezo, presidente del Consejo de Administración de EGEDA.